这大概是一个静态三维散点图scatterplot3d包的测试说明,针对PCoA
数据源
1 丰度表格 或者 样本距离矩阵文件
丰度表格可为OTU丰度表格,也可以是物种或者某功能丰度表格
表格示例
- 丰度表格
Otu_id | CK-1 | CK-2 | CK-3 | TA-1 | TA-2 | TA-3 | TB-1 | TB-2 | TB-3 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Otu000001 | 2127 | 2781 | 2082 | 1964 | 3096 | 1280 | 1800 | 3534 | 2056 |
Otu000002 | 640 | 694 | 486 | 4267 | 3451 | 3534 | 2338 | 2036 | 2241 |
Otu000003 | 1868 | 1676 | 1973 | 1292 | 1670 | 1148 | 899 | 1039 | 1241 |
Otu000004 | 237 | 180 | 222 | 660 | 453 | 419 | 1252 | 1511 | 1522 |
Otu000005 | 15 | 1 | 3 | 598 | 748 | 1286 | 75 | 142 | 190 |
Otu000006 | 157 | 111 | 112 | 425 | 406 | 436 | 1067 | 1206 | 1213 |
Otu000007 | 821 | 735 | 520 | 603 | 759 | 521 | 816 | 1379 | 867 |
Otu000008 | 386 | 333 | 238 | 666 | 648 | 627 | 821 | 1118 | 1028 |
Otu000009 | 391 | 337 | 324 | 572 | 682 | 513 | 953 | 1117 | 795 |
Otu000010 | 548 | 594 | 915 | 549 | 890 | 459 | 475 | 726 | 513 |
- 样本距离矩阵
# | CK-1 | CK-2 | CK-3 | TA-1 | TA-2 | TA-3 | TB-1 | TB-2 | TB-3 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CK-1 | 0 | 0.364607 | 0.390785 | 0.403383 | 0.393962 | 0.391053 | 0.403065 | 0.410515 | 0.408502 |
CK-2 | 0.364607 | 0 | 0.411481 | 0.397728 | 0.395208 | 0.389974 | 0.409755 | 0.411134 | 0.409693 |
CK-3 | 0.390785 | 0.411481 | 0 | 0.428868 | 0.427924 | 0.414566 | 0.43903 | 0.462855 | 0.442075 |
TA-1 | 0.403383 | 0.397728 | 0.428868 | 0 | 0.385611 | 0.37959 | 0.408034 | 0.416026 | 0.402727 |
TA-2 | 0.393962 | 0.395208 | 0.427924 | 0.385611 | 0 | 0.391192 | 0.415857 | 0.426465 | 0.407624 |
TA-3 | 0.391053 | 0.389974 | 0.414566 | 0.37959 | 0.391192 | 0 | 0.400653 | 0.412459 | 0.398755 |
TB-1 | 0.403065 | 0.409755 | 0.43903 | 0.408034 | 0.415857 | 0.400653 | 0 | 0.376632 | 0.355021 |
TB-2 | 0.410515 | 0.411134 | 0.462855 | 0.416026 | 0.426465 | 0.412459 | 0.376632 | 0 | 0.379544 |
TB-3 | 0.408502 | 0.409693 | 0.442075 | 0.402727 | 0.407624 | 0.398755 | 0.355021 | 0.379544 | 0 |
2 分组文件(选填)
- 分组示例
name | group |
---|---|
CK-1 | CK |
CK-2 | CK |
CK-3 | CK |
TA-1 | TA |
TA-2 | TA |
TA-3 | TA |
TB-1 | TB |
TB-2 | TB |
TB-3 | TB |
3 点的大小
4 透明度
原理:
(1)在输入OTU丰度表情况下,软件默认算出每个样本中OTU的相对丰度信息,然后计算样本间的Bray-Curtis距离(R),最后进行PCoA计算(R)及作图(ggplot2)。
(2)如果直接输入样本间距离(例如unifrac
等),软件直接根据所输入距离类型进行分析和作图。
主要函数
1 | library(scatterplot3d) |
其他
- 动态交互式三维散点图需使用rgl扩展包
1 | library(rgl) |
- 两个表之间的转换其实就是 方差,协方差相关函数
cor(data) 例如 round(cor(iris[,1:4]),2)
cov(data)
- 方差:体现的是一组数据的波动情况,值越小波动越小。
- 协方差:两种不同数据的方差,体现两组数据的变化趋势如何,正值变化趋势一致,负值变化趋势相反,0不相关。
- 相关系数:两组不同数据的相关程度,取值范围[-1,1],越接近与0越不相关,0时却不意味着两组数据独立,相关系数是两个变量之间的线性关联的一个度量,不一定有因果关系的含义。
协方差矩阵
马氏距离 mahalanobis(data,center=,cov=),
欧氏距离 dist(x,method=”euclidean”)即为计算欧式距离,”maximum”, “manhattan”, “canberra”, “binary” ,”minkowski”
通过一组图片和一些模板图片进行匹配,得到每一个图片距离最小的模板
多样性分析 样本间距计算 _unifrac,weighted_unifrac, PCA/PCOA/NMDS分析
_unifrac,weighted_unifrac 的多样品相似度树分析树
加载程序包:library(mvtnorm)
X<-rmvnorm(n,rep(0,p),diag(p)),参数分别为生成服从正态分布随机向量的样本量,均值,协方差阵